วัดอัมพวันสร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย และเป็นวัดร้างอยู่ช่วงหนึ่งระหว่างเสียกรุงครั้งที่ 2 ในสมัยรัตนโกสินทร์เริ่มมีพระมาจำพรรษาอยู่ เท่าที่ปรากฎหลักฐานว่าหลวงปู่จันทร์ (พระครูวิสุทธิธรรมธาดา) ได้มาทำการบูรณะร่วมกับชาวบ้านบางอ้อ และหม่อมราชวงศ์จำรัศ อิศรางกูร ณ อยุธยา ได้ล่องเรือแพมาและได้ถวายให้แก่วัดอัมพวันเมื่อ พ.ศ. 2451 และได้ร่วมกับชาวบางอ้อ และหลวงปู่จันทร์วางศิลาฤกษ์อุโบสถเมื่อ พ.ศ. 2458 แต่มาเสร็จเมื่อ พ.ศ. 2466[1] ที่ประตูไม้แกะสลักด้านหลังหรือด้านทิศตะวันตกของอุโบสถ มีชื่อของผู้สร้างสลักอยู่คือ นายวอน นางแม้น เป็นบุตรเขยและบุตรสาวของผู้เริ่มก่อสร้างอุโบสถ รวมทั้งหลวงนาและขุนวารี ซึ่งหลวงนาเป็นพ่อของขุนวารีผู้ชึ่งอุทิศที่ดินสร้างโบสถ์และเป็นธุระจัดช่างมาจากวัดระฆังโฆสิตารามวรมหาวิหาร

ระหว่าง พ.ศ. 2461 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จมาทางชลมารค และสร้างพลับพลาที่หน้าโบสถ์แต่ทรงประทับอยู่ในเรือ และทรงพระราชทานพระบรมฉายาลักษณ์ไว้และด้านล่างภาพเขียนว่า พระองค์ผู้ทรงพระราชทานสันติสุขและสันติภาพให้แก่สยามประเทศ นอกจากนี้สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ได้เคยเสด็จวัดอัมพวั และพระราชทานพระฉายาลักษณ์ ซึ่งในภาพลงวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2465 จากข้อมูลของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ระบุว่าวัดอัมพวันตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 2456 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2521[2]